دبیرخانه مرکزی هیأت امنا ، مرکزی است زیر نظر نماینده وزیر که مسئولیت های زیر را بر عهده دارد:
- اتخاذ و تقویت تصمیم های راهبردی در هیأت های امناء و پیگیری تحقق اهداف مؤسسه.
- تشکیل جلسات کمیسیون های تخصصی در سطح ستاد مرکزی وزارت به منظور بررسی دستور کار مشترک هیأت امناء
- اجتماعی شدن سلامت در تصمیم ها
- ارزیابی مصوبات هیأت های امناء با مسئولین مؤسسه و ستاد مرکزی وزارت
- ارزیابی نظرات اعضای هیأت امناء نسبت به عملکرد دانشگاه
- بررنامه ریزی در جهت توانمندسازی اعضای هیأت امناء
- ارزیابی از عملکرد هیأت امنای مؤسسه
- بررسی تطبیق مصوبات با ضوابط و قابلیت اجرای آن ها مبتنی بر نظر وزیر و سایر وظایف تفویض شده از طرف ایشان.
- ایجاد هماهنگی و وحدت رویه میان هیأت امناهای مؤسسات کشور.
- بررسی نیازها و مشکلات موسسات کشور و انعکاس نظرات ایشان به واحدهای ستادی وزارت متبوع و پیگیری جهت رفع آن مطابق ضوابط و مقررات و در صورت لزوم تهیه
- پیش نویس دستورات مشترک یا اختصاصی.
- تدوین سیاستها و برنامه های راهبردی موسسات با مشارکت هیأت امنای موسسات کشور و نیز معاونت ها و واحدهای ستادی وزارت متبوع در حوزه معاونت برنامه ریزی راهبردی و هماهنگی
- همکاری و هماهنگی در بازنگری یا تدوین آئین نامه ها ، دستورالعمل ها ، موسسات با مشارکت معاونت های ستاد مرکزی وزارت و پیگیری در تصویب آنها درهیات امناء.
- مدیریت و برنامه ریزی جلسات هیات امناء و مشارکت در تنظیم صورتجلسات طبق دستورالعملهایی که تدوین مینماید با موسسات مربوطه و پیگیری روند آن تا ابلاغ مصوبات توسط مقام وزارت.
- کنترل و تطبیق مصوبات هیات امناء با قوانین و مقررات جاری بالادستی.
- پیگیری در صدور یا تمدید احکام عضویت اعضای هیات های امناء مؤسسات.
- پیگیری در تهیه و تدوین جداول بودجه سالیانه مؤسسه و نیز حسابرسی مؤسسات.