شرح وظایف دبیرخانه هیأت امناء به شرح ذیل می باشد:
وظایف و اختیارات هیأت امناء
ماده 7 قانون تشکیل هیأت امناء دانشگاه ها ، مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی
الف : تصویب آیین نامه داخلی.
ب: تصویب سازمان اداری موسسه براساس ضوابطی که به پیشنهاد وزارتخانه های مربوط با هماهنگی سازمان امـور اداری و اسـتخدامی بـه تصـویب شـورای عـالی انقلاب فرهنگی خواهد رسید.
ج : بررسی و تصویب بودجه موسسه که از طـــرف رئـیس مـــوسسه پیشنهــاد می شود.
د : تصویب بودجه تفصیلی موسسه.
هـ : تصویب حساب ها و ترازنامه سالانه موسسه.
و : تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن .
ز : تعیین حسابرس و خزانه دار برای موسسه.
ح : کوشش برای جلب کمک های بخش خصوصی و عوائـد محلـی اعـم از نقـدی ، تجهیزاتی و ساختمانی با رعایت ضوابط مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی.
ط : تصویب آیین نامه مالی و معاملاتی که بر حسب مورد پس ازتائیـد وزارتخانـه مربوط قابل اجرا می باشد.
ی : پیشنهاد میزان فوق العاده هـای اعضـای هیـأت علمـی و غیـر هیـأت علمـی (کارشناسان و تکنسین ها) که بر حسب مورد پس از تأیید وزارتخانه های فرهنگ و آموزش عالی و یا بهداشت، درمان و آموزش پزشکی قابل اجرا می باشد.
ک: تعیین نحوه اداره واحدهای تولیدی، خدماتی، کارگاهی و بهداشـت و درمـانی مؤسسه در چهارچوب ضوابطی که به تصویب هیأت وزیران خواهد رسید.
ل: تعیین میـزان پرداخت حق التحقیق، حق التدریس، حق الترجمه، حق التألیف و نظایر آن.
م: بررسی گزارش مؤسسه که از طرف رئیس مؤسسه ارائه می شود.
ن: تصـویب مقـررات اسـتخدامی اعضـای هیـأت علمـی مؤسسـه کـه بـه منظـور هماهنگی پس از تأیید وزارتخانه مربوط قابل اجرا خواهد بود.